MacOS X 10.9.5から、v2署名したアプリしか使えなくなる記事を見ましたので、
自分のMacにインストールしたアプリの署名バージョンを調べてみました。

結果として、v1署名のものがけっこうありまして、署名なしのものもありました。
このまま10.9.5にアップデータしたら、いきなり使えなくなる可能性がありますので、
アプリをresignしたアップデータを待つか、アップルが仕様を変更するを待つかしかないと思います。